上海海关学院目前开设有12个本科专业，具体包括：

1. 海关管理

2. 海关检验检疫安全

3. 海关稽查

4. 行政管理

5. 物流管理

6. 审计学

7. 国际商务

8. 税收学

9. 经济统计学

10. 法学

11. 英语

12. 数据科学与大数据技术

上海海关学院是海关总署唯一直属的全日制本科高等学校，并且是全国唯一一所系统设置海关学科课程和专业的本科院校