吉首市拥有两所大学，分别是：

吉首大学：

成立于1958年，是一所省属综合性大学，也是武陵山片区唯一的综合性大学。吉首大学在湖南省湘西土家族苗族自治州和张家界市两地办学，校本部位于吉首市。该校是国家民族事务委员会与湖南省人民政府省部共建大学，拥有本科专业73个，硕士点35个，并设有多个教学学院和一级学科。

湘西民族职业技术学院：

成立于2004年，是湘西自治州唯一一所普通高等职业技术院校，提供专科教育，拥有30多个专业。

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