南京的本科大学包括但不限于以下几所：

南京大学

东南大学

南京理工大学

南京航空航天大学

河海大学

南京师范大学

南京财经大学

南京邮电大学

南京农业大学

南京工业大学

中国药科大学

南京审计学院

南京医科大学

南京林业大学

南京中医药大学

南京气象学院

南京晓庄学院

南京艺术学院

南京工程学院

这些学校中，有的带有专科教育，有的则是纯粹的本科院校。例如，南京工业职业技术学院在2019年升格为职业本科学校，并在2020年更名为南京工业职业技术大学。

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