海军工程大学的王牌专业包括电气工程及其自动化（综合电力技术与管理）、电气工程及其自动化（舰艇机电指挥）、无人装备工程（无人机运用与指挥）、机械工程（舰船维修与管理）、机械电子工程（舰载机起降保障与指挥）、电子信息工程（航空机务技术与指挥）、飞行器设计与工程（航空机务技术与指挥）、探测制导与控制技术（岸防导弹技术与指挥）。

这些专业中，从录取分数线的角度看，电磁发射工程被认为是海军工程大学最好的专业。