亳州共有两所大学，分别是：

亳州学院：

这是一所公办普通本科高校，由国家教育部批准设置。它起源于1909年创办的蒙城师资讲习所，经过发展，于2016年3月升格为亳州学院。学院设有多个教学院系，包括中药学院、电子与信息工程系、生物与食品工程系、经济与管理系、教育系、中文与传媒系、外语系、美术系、音乐系、体育系和马克思主义学院等。

亳州职业技术学院：

这是一所全日制公办普通高等职业院校，由安徽教育学院亳州教学点、合肥工业大学亳州教学点和亳州工业学校组建而成。它坐落于安徽省亳州市，是安徽省唯一位于地级市的中医药现代化科研基地。

这两所大学都提供文科和理科教育。亳州学院侧重于师范高职专科学院教育，而亳州职业技术学院则更偏向理工科教育