台湾设有药学系的大学包括：

1. 国立台湾大学

2. 台北医学大学

3. 高雄医学大学

4. 中国医药大学

5. 国防医学院

6. 嘉南药理科技大学

7. 大仁科技大学（屏东县）

这些学校中，药学系通常被认为是热门专业，录取门槛较高，其中嘉南药理科技大学在QS药学专业排名中位于前400名之内。