南京秦淮区的中学包括：

1. 公办初中：

南京市钟英中学

南京市第三中学

南京航空航天大学附属初级中学

郑和外国语学校

南京市文枢中学（初中部）

南京市第四十三中学

南京市十八中学

2. 民办初中：

秦淮外国语学校

3. 公办高中：

南京师范大学附属中学秦淮科技高中

南京市秦淮中学

4. 其他学校：

南京市第五初级中学

南京市行知实验中学（南京师范大学附属中学行知分校）

南京市第六中学校友会

南京市聋人学校（南京聋人高级中学）

请注意，以上信息可能会有所变动，建议联系当地教育部门或学校获取最新信息