菏泽市拥有以下知名大学：

菏泽学院

类型：全日制普通本科高校

特点：是数据中国“百校工程”项目建设院校，2004年5月经教育部批准为普通本科高校。

菏泽医学专科学校

类型：全日制公办普通高等专科学校

特点：由山东省人民政府举办，前身可追溯至1950年建立的平原省卫生学校，1978年更名为菏泽医学专科学校。

菏泽家政职业学院

类型：专科层次的公办全日制普通高等职业院校

特点：我国第一所独立设置、以家政为特色的职业院校，坐落在山东省菏泽市单县。

菏泽职业学院

类型：国办全日制普通高等学校

特点：于2012年12月经山东省人民政府批准、国家教育部备案。

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