根据提供的信息，2004年的世界大学排名中，前三名分别是：

1. 哈佛大学（Harvard University），美国

2. 斯坦福大学（Stanford University），美国

3. 剑桥大学（University of Cambridge），英国

排名是根据多个指标来确定的，包括校友获得诺贝尔奖和菲尔兹奖的人数、员工获得诺贝尔奖和菲尔兹奖的人数、高引用率研究人员人数、《自然》和《科学》论文数、SCI论文数以及教职人员平均学术表现等。

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