普洱市思茅区内的主要高等教育机构是普洱学院。这是一所全日制公办省属本科院校，位于云南省普洱市思茅区学苑路。普洱学院的前身是思茅师范高等专科学校，它于2012年4月12日经教育部批准升格为普通本科高校。学院提供多个本科专业和专科专业，覆盖人文学科、社会学科、理学、农学等多个学科门类。

另外，滇西应用技术大学下设有普洱茶学院，这是一所特色学院，专注于培养与茶产业相关的应用型技术技能人才。普洱茶学院位于云南省普洱市思茅区佛莲山路68号。