日本南部的一些著名大学包括：

长崎大学（Nagasaki University）

位置：长崎县

特点：日本六所医科官立大学之一，历史悠久。

琉球大学（University of the Ryukyus）

位置：冲绳县中头郡西原町

特点：冲绳县唯一的国立大学，日本最西端和最南端的大学。

以上是根据提供的信息整理的日本南部的一些著名大学。