南京农业大学的王牌专业包括：

1. 作物学

2. 植物保护

3. 农业资源与环境

4. 动物医学

5. 食品科学与工程

6. 园艺

7. 种子科学与工程

8. 农林经济管理

9. 农业机械化及其自动化

10. 金融学

11. 社会学

12. 生物科学

这些专业在各自的领域内具有深厚的学术研究和科研实力，并在国内外享有较高的声誉。