制药工程专业的毕业生有多种就业方向，以下是一些主要的职业选择：

药品研发：

从事新药研发、药物改良、临床试验等工作，为医药企业创新提供技术支持。

药品生产：

在制药企业的生产车间、工艺部门等从事药品生产线的管理、工艺优化等工作，确保药品质量和生产效率。

质量控制：

从事药品质量检测、质量管理体系建立等工作，保障药品安全有效。

药物安全评价：

成为药物安全评价专家，参与药物的安全性评估。

药品注册：

作为药品注册专员，负责药品的注册和审批流程。

市场营销：

成为药品市场营销经理，负责药品的市场推广和销售。

技术岗位：

在药厂药剂师、保健品公司工程师、医院药剂科等技术岗位工作。

质量管理和监督：

在各级质量监督检验局、药检所从事药品质量检验和监督工作。

科研：

在科研院所从事药物研制工作，或进入高校进行教学和科研工作。

销售：

从事医药代表、药品销售等工作，虽然与专业技术有所偏离，但具有良好的收入和发展空间。