哈尔滨工程大学的院系划分如下：

船舶工程学院（一系）

航天与建筑工程学院（二系）

动力与能源工程学院（三系）

自动化学院（四系）

水声工程学院（五系）

计算机科学与技术学院（六系）

机电工程学院（七系）

信息与通信工程学院（八系）

经济管理学院（九系）

材料科学与化学工程学院（十系）

理学院（十一系）

外语系（十二系）

人文社会科学学院（十三系）

国际合作教育学院（十四系）

核学院（十五系）

国防教育学院（十六系）

软件学院与 国家保密学院属于计算机学院