南沙区目前有以下本科院校：

香港科技大学（广州）

位置：广州市南沙区高铁庆盛站旁

特色：由广州大学与香港科技大学合作筹备设立，2023年开始招收本科生，首批专业包括人工智能、数据科学与大数据技术、智能制造工程。

广东外语外贸大学

特色：以商务英语为主，辅以经济、外语、管理和文化等多科性大学，是国家“211工程”重点建设的大学之一。

中山大学南沙校区

特色：中山大学的一个校区，提供多个学科的教育和研究。

广东药科大学

特色：专注于药学领域的教育和研究。

广州大学南沙校区

特色：广州大学的一个校区，提供多样化的本科教育。

广东金融学院

特色：专注于金融领域的教育和研究。

广州美术学院（佛山校区）

特色：广州美术学院的一个校区，提供艺术专业的本科教育。

嘉应学院紫琳学院

特色：嘉应学院的一个学院，提供本科教育。

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