南京的二本理科院校包括：

1. 南京邮电大学

2. 南京林业大学

3. 南京信息工程大学

4. 南京工业大学

5. 南京中医药大学

6. 南京财经大学

7. 南京工程学院

8. 金陵科技学院

9. 南京晓庄学院

10. 南京审计学院

11. 江苏警官学院

12. 南京体育学院

13. 南京艺术学院

以上信息以教育部门公布的信息为准。