根据提供的信息，2024年南京市最好的大学排名如下：

南京大学- 全国排名第6位

东南大学- 全国排名第21位

南京理工大学- 全国排名第37位

南京农业大学- 全国排名第44位

南京航空航天大学- 全国排名第49位

南京师范大学- 全国排名第51位

河海大学- 全国排名第61位

南京林业大学- 全国排名第72位

南京工业大学- 全国排名第83位

南京医科大学- 全国排名第104位

南京市是江苏省的省会城市，素有“六朝古都”之称，是中国历史文化名城之一