黑龙江农业工程职业学院的王牌专业包括：

农业装备应用技术- 被评为全国职业院校装备制造类示范专业和国家示范高职院校重点建设专业。

汽车检测与维修技术- 被评为国家示范高职院校重点建设专业。

设施农业技术- 被评为国家示范高职院校重点建设专业。

机电一体化技术- 被评为国家示范高职院校重点建设专业。

物联网应用技术- 被教育部评定为骨干专业。

畜牧兽医- 被教育部评为国家示范院校重点建设专业。

物流管理- 被评为国家示范高职院校重点建设专业。

汽车电子技术- 被评为国家示范高职院校重点建设专业。

食品药品监督管理- 被认为是学院的四大王牌专业之一。

电力系统自动化技术- 被认为是学院的四大王牌专业之一。

药品经营与管理- 被认为是学院的四大王牌专业之一。

请注意，专业排名可能会随着时间和政策的变化而有所调整，建议直接咨询学院或查看最新的教育资源和排名信息以获得最准确的数据