根据提供的信息，2024年厦门市青少年校园足球大学生联赛甲级联赛A组第三轮比赛结束后，厦门大学的排名情况如下：

厦门大学：在三轮小组赛结束后，以总进球数4球排在小组第一。

厦门理工：以总进球数3球排在小组第二。

厦门工学院：以总进球数2球排在小组第三。

因此，按照总进球数来计算，厦门大学的排名是最高的。