奎屯市的高等教育机构包括：

伊犁师范大学（北校区）：

是一所普通高等师范学校，前身是1948年成立的新疆省立伊犁专科学校，后经过发展，于2018年更名为伊犁师范大学。

新疆兵团农七师行政学院：

提供行政管理的教育和培训。

奎屯市开放大学：

专注于成人教育，负责疆内外一些学校的成人教育考试管理。

新疆应用职业技术学院：

是一所综合性大专院校，由伊犁州教育学院、伊犁州技工学校、宜州艺术学院、宜州建筑学校等合并成立。

新疆石河子大学：

位于奎屯市，是一所知名的综合性大学。

新疆农业大学科技学院：

提供农业科学、工程、经济管理等专业的教育。

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