关于辅助药物设计专业的排名，以下是一些建议的参考信息：

复旦大学 ：复旦大学在医学领域享有很高的声誉，其药学相关专业也具有较强的竞争力。

中国药科大学：

中国药科大学专注于药学教育，提供全面的药学课程，包括计算机辅助药物设计。

其他考虑因素

计算机辅助药物设计虽然在药物研发中是一个重要工具，但实际应用中可能受到蛋白三维晶体模型缺乏的限制。

该领域需要结合专业的机化学、分子生物学和生物化学知识来解读计算机设计结果。

传统筛选方法在某些情况下可能更为重要。

请注意，排名可能会随着时间和各种因素（如学术成果、师资力量、研究设施等）的变化而变化。建议查看最新的教育资源和行业报告，以获得最准确的排名信息。