华东交通大学拥有几处湖泊，其中最著名的校内湖泊是孔目湖。以下是有关孔目湖的一些信息：

位置：位于校东南，被分成北湖、中湖与南湖三个小湖。

面积：水面面积大约四百亩。

特色：孔目湖以其原生态的景致在江西高校中独一无二，是师生和周边居民休闲健身的好去处。

生态：每年有数千只白鹭迁徙来此过冬，上百种鸟活跃在公园，春天时鸟语花香，吸引市民游玩。

设施：公园内有一条宽约2米的水泥路深入，路两侧种植有多种树木和花草，湖中有野鸭游荡，树林中有各种鸟类。

保护：公园内立有多块提示牌，提醒游客不要进行划船、钓鱼或捕捉鸟类等破坏生态的活动。

除了孔目湖，华东交通大学南区还有养心湖，以及文达湖等湖泊，这些地方同样为师生和市民提供了休闲和游玩的场所。