对于二战考研的同学，处理三方协议和档案的问题，你可以参考以下建议：

确定目标

确定你的未来目标，是就业、创业、考公、考研还是出国深造。

三方协议

如果目标是就业，签订三方协议可以作为一种就业保障。

对于考研的同学，三方协议通常会在考研成绩公布后自动撤销，不必支付违约金。

如果不打算就业，可以考虑与人才公司签订三方协议，以保留干部身份和档案。

档案处理

档案可以托管在人才代理公司，这样既可以保留档案，又可以进行考研或就业。

如果已经签订了三方协议，档案通常会发送到协议上指定的地址，如果没有具体地址，则可能存放在学校所在城市的人才市场。

户口问题

如果单位签订三方协议需要解决户口问题，而你没有留京户口指标，可以考虑在家乡找单位签订三方协议，并将户口迁回原籍。

学校政策

有些学校为了提高就业率可能会强制学生签订三方协议，你可以与学校沟通，表达你的担忧和选择不签的意愿。

其他注意事项

如果你不签三方协议，需要确保学校了解你的决定，并保持沟通。

档案代管是一种选择，每个城市都有人才中心可以办理，便于将来调档。

请根据你的具体情况做出选择，并确保在做出决定前了解所有相关的政策和规定。