吉木萨尔县内的学校包括：

吉木萨尔中等职业技术学校

地址：新疆昌吉回族自治州吉木萨尔县文化西路44号

特色：集职业中专、技工、成人高等学历教育、职业技能培训、职业技能鉴定、农牧民培训等学历教育与各类培训为一体的综合性职业学校。

呼图壁中等职业技术学校

地址：新疆昌吉回族自治州呼图壁县幸福路42号

特色：拥有实训基地10个、校内实验实训室40个，与校外101家企业建立良好的合作关系。

吉木萨尔县第二中学

地址：位于县城中南部、满城路东侧

特色：民汉合校全日制初级中学，拥有完善的教学设施和住宿条件。

吉木萨尔县第一中学

地址：老校区位于吉木萨尔县北庭路93号，新校区位于东环路以东1.3公里处

特色：由全日制完全中学向全日制高级中学过渡。

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