根据提供的信息，中山大学哲学系在2009年教育部公布的第二次全国高校学科评估中位居第三名。具体排名如下：

1. 北京大学

2. 复旦大学

3. 中国人民大学

4. 南京大学

5. 北京师范大学

6. 吉林大学

7. 武汉大学

8. 中山大学

请注意，排名可能会随着时间和不同评估机构的标准有所变化。建议查看最新的排名信息以获得准确数据