南京艺术学院共有12个系，分别是：

1. 美术学

2. 绘画

3. 雕塑

4. 艺术设计学

5. 艺术设计

6. 工业设计

7. 服装设计与工程

8. 动画

9. 摄影

10. 音乐学

11. 音乐表演

12. 作曲和作曲技术理论

13. 舞蹈编导

14. 舞蹈学

15. 表演

16. 戏剧影视文学

17. 导演

18. 数字媒体艺术

19. 艺术教育

20. 公共事业管理

21. 录音艺术

22. 播音与主持艺术

23. 广播电视编导

24. 戏剧影视美术设计

25. 广告