火箭军工程大学的专业设置涵盖了军事工程、信息技术、武器系统等多个领域，具体专业包括但不限于：

机械工程（导弹装备维修与管理）

电气工程及其自动化（导弹阵地管理）

电子信息工程（导弹战斗部技术与管理）

土木工程（国防工程与指挥）

武器发射工程（导弹发射技术与指挥）

测控工程

核工程与核技术

通信工程

飞行器动力工程

特种能源技术与工程

辐射防护与核安全

侦测工程

指挥信息系统工程

火力指挥与控制工程

目标工程

特种能源工程与技术工程

电子信息工程

侦测工程

这些专业旨在培养能够在火箭军部队中担任技术、指挥和管理工作的军官和专业技术人才。