东南大学生物制药专业在学术界的评价一般。东南大学是江苏省内的一所重点大学，属于985工程、211工程重点建设高校，并在多个国家级计划中有所涉及。生物制药专业虽然并非该校的强项，但依然提供理工结合、医工结合的教学模式，旨在培养学生掌握化学、化工、制药及相关技术领域的基本理论、研究方法和技能。

东南大学生物制药专业的毕业生通常具备扎实的基础知识和专业知识，以及较强的实践能力和适应能力，就业率较高，考研和出国深造的比例也相对较大。