金陵科技学院设有多个系（院），具体包括：

1. 商学院

2. 人文学院

3. 机电工程学院

4. 智能科学与控制工程学院

5. 建筑工程学院

6. 软件工程学院

7. 网络安全学院

8. 计算机工程学院

9. 电子信息工程学院

10. 网络与通信工程学院

11. 艺术学院

12. 动漫学院

13. 园艺园林学院

14. 动物科学与技术学院

15. 材料工程学院

16. 外国语学院

17. 理学院

18. 马克思主义学院

19. 国际教育学院

20. 继续教育学院

21. 职业师学院

22. 计算机基础实验教学中心

23. 南京软件研究院

24. 体育部

以上信息以学校最新公布的信息为准。