南京未来可能合并的大学包括：

东南大学与南京医科大学合并

如果合并成功，东南大学实力将得到质的提升，有可能进入全国前五，与南京大学形成两大顶尖综合性院校双峰并立的局面。

南京晓庄学院、金陵科技学院、江苏第二师范学院合并

建议合并创建一所师范类强校金陵师范大学，以增强师范教育领域的实力。

以上合并提议均基于网络上的讨论和设想，具体实施还需教育部的批准以及相关高校的合作意愿