在甘肃甘南藏族自治州，有几所高等院校，包括：

甘肃民族师范学院

简称“甘肃民院”，是一所公办全日制普通本科学校。

成立于1984年，前身是合作民族师范高等专科学校。

2009年升格为本科院校，2013年被确定为国家民委与甘肃省人民政府共建学校。

兰州大学甘南藏族自治州分校

位于甘南藏族自治州合作市，是兰州大学设立的分支机构。

西北民族大学甘南藏族自治州民族医学院

位于甘南州合作市，隶属于西北民族大学，专注于民族医学相关专业的培养与研究。

甘南藏族自治州职业技术学院

提供多种专业，如护理、会计、建筑工程等。

甘南藏族自治州民族师范高等专科学校

主要提供学前教育、小学教育等专业。

甘南藏族自治州广播电视大学

提供远程教育，涵盖多个专业领域，如计算机科学与技术、财务管理等。

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