青海大学设有多个学院和系所，主要包括但不限于以下：

医学院

农牧学院

化工学院

财经学院

机械工程学院

水利电力学院

土木工程学院

生态环境工程学院

马克思主义学院

附属医院

成人教育学院

昆仑学院

藏医学院

农林科学院

畜牧兽医科学院

10院、28个系和11个专业研究所

青海大学提供61个本科专业、34个专科专业，以及18个硕士点和2个博士点。学校有14个省级重点学科和3个省级医学重点学科，并设有5个国家级实验研究中心。