常熟理工学院的王牌专业包括：

1. 自动化

2. 新能源科学与工程

3. 生物工程

4. 机械工程

5. 电子信息工程

6. 数学与应用数学

7. 食品质量与安全

8. 材料科学与工程

9. 计算机科学与技术

10. 市场营销

这些专业在各自的领域有着显著的表现，并且获得了国家级或省级的认定，如国家级特色专业、教育部卓越工程师教育培养计划专业等。

请注意，专业排名可能会随着时间和学校政策的变化而有所调整，因此建议以常熟理工学院最新公布的信息为准