根据提供的信息，南京金陵协和神学院和福建师范大学协和学院都被归类为二本大学。具体来说：

南京金陵协和神学院虽然不归教育部管，而是由基督教协会和宗教局管理，并且不是个人学校，因此不能算作三本大学。根据提供的信息，金陵神学院一般被认为是二本大学。

福建师范大学协和学院在不同省份的招生批次可能有所不同，但根据提供的信息，福建协和学院在福建是第二批次招生，因此通常被认为是二本大学。

请注意，这些信息基于发布时间较近的数据，具体情况可能会有所变化。建议直接咨询相关学校或查看最新的招生简章以获得最准确的信息