南通大学体育科学学院拥有以下专业：

体育教育：

这是学院的省特色专业，旨在培养能够在中等学校进行体育教学、训练、管理和研究的专业人才。

社会体育指导与管理：

该专业专注于培养能够在社会体育领域中从事体育组织管理、健身指导、体育产业经营等方面工作的专业人才。

此外，学院还设有体育教育训练学硕士学位授权点，是校重点学科之一。