日本长崎地区的大学包括：

国立大学

长崎大学：位于长崎县长崎市，是日本著名的国立大学之一，由原先的6所大学合并而成，拥有悠久的医学专业历史。

公立大学

长崎县立大学：位于长崎县长崎市，由长崎县政府和财团设立，是日本公立制大学中历史悠久的高等学府之一。

私立大学

活水女子大学

长崎卫斯理公会大学

长崎外国语大学

长崎国际大学

长崎纯心大学

长崎综合科学大学

短期大学

长崎玉成短期大学

长崎女子短期大学

长崎短期大学

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