南京农业大学拥有17个博士学位一级学科授权点，具体包括以下学科：

生物学

科学技术史

农业工程

食品科学与工程

作物学

园艺学

农业资源利用

植物保护

畜牧学

兽医学

农林经济管理

公共管理

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