西南交通大学的研究生专业设置丰富，涵盖了工学、理学、管理学、经济学、文学、法学、教育学、历史学、哲学、艺术学等多个学科门类。具体研究生专业包括但不限于以下几个领域：

土木工程学院

岩土工程

结构工程

市政工程

防灾减灾工程及防护工程

桥梁与隧道工程

道路与铁道工程

建筑与土木工程

土木水利

交通运输工程

其他学院

机械工程学院

电气工程学院

材料科学与工程学院

环境科学与工程学院

信息科学与技术学院

建筑与设计学院

经济管理学院

人文社会科学学院

外国语学院

法学院

马克思主义学院

体育部

国际教育学院

继续教育学院

一级学科和二级学科

共有41个一级学科专业，每个一级学科下设有多个二级学科专业。

西南交通大学的研究生教育注重理论与实践相结合，强调培养学生的创新能力、工程实践能力，以及与行业紧密相关的专业知识。学校是教育部直属全国重点大学，国家“双一流”、“211工程”、“985工程优势学科创新平台”、“2011协同创新计划”重点建设高校，并设有研究生院