根据提供的信息，2024年北京医药类大学的排名如下：

北京协和医学院：

全国排名第16名。

首都医科大学：

全国排名第39名。

北京中医药大学：

全国排名第107名。

南方医科大学：

全国排名第46名。

南京医科大学：

全国排名第48名。

请注意，排名可能会根据不同的评价标准和数据来源有所变化。