大学档案中的荣誉文件主要包括以下几类：

学业奖励

奖学金证书，如国家励志奖学金、三好学生、优秀学生干部等。

成绩单，显示学生全部科目成绩和学业成绩。

荣誉称号

优秀毕业生、先进个人奖、文艺比赛优胜者证书等。

志愿者服务证书、社会实践活动优秀证明、校园文化活动负责人证明等。

学术成果

发表的学术论文、参与的科研项目、获得的科技进步奖等。

其他荣誉

团籍或党籍关系证明。

带有学校公章的高中成绩表。

社会实践证明

社会实践锻炼证明或奖励证书。

以上荣誉文件对于学生未来的升学、就业以及社会活动等方面都具有重要的参考价值。