南京航空航天大学的王牌专业主要包括：

飞行器设计与工程

国家级特色专业

国家级一流本科专业建设点

国家特色专业

学科评估结果为A-

学科依托的航空宇航科学与技术为国家“双一流”建设学科

飞行器动力工程

国家级特色专业

国家级一流本科专业建设点

江苏省品牌专业

学科评估结果为A-

工程力学

国家级一流本科专业建设点

工信部重点专业

学科评估结果为A-

机械工程

学科评估结果为A-

电气工程及其自动化

学科评估结果为A-

自动化

学科评估结果为A-

材料科学与工程

学科评估结果为A-

计算机科学与技术

学科评估结果为A-

土木工程

学科评估结果为A-

工业工程

学科评估结果为A-

这些专业在各自的领域内具有显著的表现和影响力，为中国的航空航天事业输送了大量人才。