南京最好的大学排名如下：

南京大学：

全国排名第5名，是江苏省乃至全国都非常有名的综合性大学，属于985工程、211工程高校，并且是首批国家双一流世界一流大学A类建设高校。

东南大学：

全国排名第17名，同样是一所985和211工程高校，入选了双一流世界一流大学A类高校，以工科实力强劲著称。

南京航空航天大学：

全国排名第36名，是原211工程大学，在航空航天领域具有一定的话语权。

其他在南京市排名靠前的大学还包括：

河海大学

南京农业大学

南京理工大学

南京师范大学

中国药科大学

以上排名根据不同的榜单和时间可能会有所变化，请以教育部门公布的最新权威信息为准