厦门大学目前设有两所附属学院，分别是嘉庚学院和深圳研究院。

嘉庚学院：这是一所独立学院，由厦门大学和厦门嘉庚教育发展有限公司共同举办，创办于2003年，位于厦门大学漳州校区，校园建筑以嘉庚风格为主。

深圳研究院：这是厦门大学在深圳设立的研究与创新机构。

此外，厦门大学还与厦门市科技中学、音乐学校和演武小学建立了附属学校关系，以推动基础教育的发展