燕京大学在1952年中国的高等院校院系调整中被拆分，其院系被并入以下几所大学：

中国政法大学（燕京大学法学院）

中央财经大学（燕京大学经济系）

中央民族大学（燕京大学历史系）

清华大学（燕京大学工学院）

燕京大学的文科和理科院系主要并入了北京大学，而其工科院系则并入了清华大学。燕京大学的校舍由北京大学接收，其建筑至今仍被视为北京大学的一部分。