根据提供的信息，2025年上海交通大学在上海市内的排名情况如下：

上海交通大学（市内排名：第2名）

上海交通大学医学院（市内排名：第3名）

此外，上海交通大学在自然科学领域的总分在全国高校中排名第6位，具体到学科，理学排名第16位，工学排名第3位，农学排名第28位，医学排名第38位。

请注意，这些信息基于2025年5月1日的数据，排名可能会随着时间和各种评价标准的变化而有所调整。如果您需要最新的排名信息，建议访问官方教育评估网站或相关新闻发布以获得最新数据