根据提供的信息，秦淮地区的两所大学——淮阴工学院和黄淮学院都有各自的优势专业。以下是它们的一些王牌专业：

淮阴工学院王牌专业：

机械设计制造及其自动化

计算机科学与技术

化学工程与工艺

食品科学与工程

通信工程

软件工程

土木工程

工商管理

车辆工程

交通运输

黄淮学院王牌专业：

动画

计算机科学与技术

新能源科学与工程

化学工程与工艺

建筑学

会计学

音乐表演

社会体育指导与管理

电子信息工程

软件工程

这些专业被多次提及，并且被认为是各自学校的王牌专业，因此可以认为它们在各自的领域具有较强的教学和研究实力。