红河哈尼族彝族自治州内的三本学校包括：

1. 红河学院

主管部门：云南省

所在地：红河哈尼族彝族自治州

办学层次：本科

2. 红河职业技术学院

主管部门：云南省

所在地：红河哈尼族彝族自治州

办学层次：本科

请注意，以上信息基于2024年5月1日的数据，具体学校的办学层次可能会有变动，建议核实最新信息