合肥工业大学的硕士专业排名如下：

1. 管理科学与工程（A）

2. 车辆工程（A）

3. 机械设计制造及其自动化（A）

4. 信息管理与信息系统（A）

5. 土木工程（B）

6. 电气工程及其自动化（B）

7. 计算机科学与技术（B）

8. 材料科学与工程（B）

9. 化学工程与技术（B）

10. 仪器科学与技术（B）

11. 电子信息工程（B）

12. 金融工程（B）

13. 粉体材料科学与工程（B）

14. 新能源材料与器件（B）

15. 电子商务（B）

16. 医学信息工程（C）

17. 智能电网信息工程（C）

18. 物流管理（C）

19. 大数据管理与应用（C）

20. 工商管理（C）

请注意，排名可能会根据不同的评估标准和时间有所变化。以上信息基于最近的数据更新，具体排名情况请以官方最新发布的评估结果为准。