浙工大药学院的药化学专业主要研究药物的设计、合成、性质及其作用机制。该专业是化学、药学和工程学交叉的工科专业，旨在培养能够在化学药物的研究、开发、生产、工艺设计、经营管理等领域工作的中高级工程技术人才。

主要课程包括有机化学、物理化学、生物化学、化工原理、药物化学、制药工程与设备、工艺设计等。学生毕业后，可以在制药企业、科研单位、高等院校、医药公司、药事管理等部门从事药物检验、新药报批、专利事务、外贸营销等工作。

浙工大药学院的药化学专业在学术和科研方面有着较强的实力，拥有药学一级学科博士授予权，并在药物化学、药剂学、药理学、天然药物学、药物分析、微生物与生化药学、化学生物学等多个学科方向进行研究。