重庆大学选择来南京的原因可以归纳为以下几点：

历史渊源

20世纪30年代，国立中央大学在抗战时期西迁至重庆，并在重庆大学的后山建立了临时校址，与重庆大学共享资源，这段历史为重庆大学的发展奠定了基础。

学科互补

南京大学以文理社会科学为主，工科相对较弱；

东南大学以理工科为主，偏向土建、通信、生物工程等方向；

重庆大学也是理工科综合性大学，工科在机械、电气、土建等方面有优势。

这些差异使得三所大学在学科上互补，有利于学术交流和合作。

地方产业合作

江苏是制造业大省，实体制造业发达；

重庆大学在制造业方面有众多合作空间，与江苏的实体制造业企业如长安汽车、南京齿轮等有产研合作；

重庆大学的工科背景与江苏的产业结构相匹配，有利于推动地方产业升级和创新发展。

观念突破

重庆市在教育拨款方面可能存在支持不足的问题；

迁址南京可以为重庆大学带来更多的资源和发展机会，促进学校整体实力的提升。

以上因素综合作用，使得重庆大学选择在南京设立校区，既是对历史传统的延续，也是基于学科发展和地方产业合作的战略选择